LNG加气站站控系统对于加气站的正常运行是非常重要的，它使加气站中的其余四个组成部分之间得到有机的联系，形成一个自动化程度高、功能完善的整体。
LNG加气站站控系统就好象人的大脑，负责加气站各部分之间的协调运行，指挥着各部分的正常运行。没有设计完善、性能良好的控制系统，再先进的压缩系统、储气系统和售气系统和售气机也会˝有劲使不上˝，从而导致整个加气站性能的降低甚至瘫痪。
控制系统涉及面较广。从功能方面划分，我们可以将其概括为4个部分：
电源控制：
压缩机运行控制：
储气控制(优先/顺序系统)：
售气控制。
1、电源控制
我们以驱动机为电动机的加气站来进行说明。这是因为加气站压缩机功率大多为132KW左右(母站电机功率为315KW)，实际应用中的加气站采用电动机作为驱动机的占绝大多数，只有少数加气站的驱动机为天然气。同时加气站中的控制盘，售气机等系统均要在有电源供给的条件下工作。
电源控制包括电源的分区供电，主电机的启动系统主电机和辅助电器的保护系统。通过对电源的控制。将直接完成对下述各个系统的自动控制。关于防爆措施的考虑。由于工作介质为天然气，且压缩机的工作压力为25Mpa，按国家标准GBJ58-83和SYJ25-87(等效参照国际电工委IEC和API标准)所规定，根据各地所建加气站环境条件、设计具体情况，采用相应的防爆措施，电机及电气配套设施作相应的选择和考虑。
2、压缩机运行控制
设置有自动启动、自动停机、故障点自动停机和紧急关机等控制项目。主要由压力、温度传感器，电子启动装置、微电脑控制装置及相应的自动阀门组成，达到状态控制功能和故障控制功能的目的。
a.自动启动控制
当加气站储气瓶组的压力下降到设定的最低储气压力时，压缩机将自动启动、运行。
b.自动停机控制
当加气储气瓶组的充气压力均达到最高设定储气压力时，压缩机将自动停止运行。
c.手动控制
在其他情况下，需要时使用各自的手动按钮也可以完成压缩机的启动或停机控制。
d.故障停机控制
这是对压缩机的一种保护性控制。当发生下列情况之一时，为了保护压缩机不受严重损害，将会自动停机。
Ⅰ传动机构润滑油压力过低，油位过低：
Ⅱ进气压力过低或过高：
Ⅲ冷却水温度过高：
Ⅳ任何一级的排气温度过高：
Ⅴ产生强烈振动(压缩机)：
Ⅵ天然气外泄浓度过高(适用于有罩房的机组)
Ⅶ紧急情况。
对压缩机的启动或控制是通过电源的接通或断开，压缩机进、排气管线上各种阀件的能通断等一系列控制过程的共同作用完成的。所以启动或停机控制又直接表现为对这些阀件的控制，及电源的通断控制。
阀件的控制可以分为电磁阀控制、气动阀控制及手动阀控制三种。前两种用于自动控制，一般也可以进行手动控制：手动控制主要应用于紧急情况或停机检修时的控制。
加气站工作人员在控制室可通过人机界面来观测加气站设备运行的整个过程，温度、压力，运行状态等主要参数以直接数据、指示标志、阶段性曲线分析图的方式在人机界面上分别显示，且设有预警指示灯闪烁提示等，故障提前预警。
